史前时期
阿克苏地区历史悠久,早在公元前7000~6000年前就有人类居住。境内库车、温宿、柯坪县均发现新石器时代的早期人类活动遗迹。
封建时期
历史上,阿克苏地区曾经是连接中亚、西亚和中原地区"古丝绸之路"上的重要驿站。秦汉时期已发展成为"城郭诸国",在西域36国中,龟兹、姑墨、温宿诸国都在今阿克苏境内。西汉初期,阿克苏为姑墨国,辖今拜城县、温宿县、阿克苏市一带。汉神爵二年(公元前60年),姑墨归西域都护府管辖。魏晋南北朝时期,姑墨受龟兹辖控。隋朝时西域为西突厥所制,本境属西域校尉。唐代姑墨州归龟兹都督府管辖。唐末至北宋,本区属西州回鹘地。元代为蒙古宗王察合台封地。明代为察合台后裔吐鲁番王地。清代平定准噶尔部后,设阿克苏办事大臣,后设阿克苏郡王。光绪八年(1882年)设阿克苏道,1884年始建阿克苏城。
民国时期
民国17年(1928年)改阿克苏道为阿克苏行政区。民国22年(1933年)更名为第四行政区并设立行政长管公署。民国32年(1943年)改为第四区行政督察专员公署。
解放后
1949年11月29日,中国人民解放军步兵二军五师进驻阿克苏。1950年成立阿克苏地区革命委员会。1978年11月改为阿克苏地区行政公署至今。