“昌吉”地名的称呼始于元代。据《新疆图志》载：“侍行纪云：《元地志附录》有仰吉八里……按：仰吉与昌吉音近……蒙语……”以此可知，“昌吉”是由蒙古语“仰吉”转化而来的。另外，自元代以来，除“仰吉八里”的地名称呼外，史籍中还有“昌八刺”（音读喇）、“彰八里”、“掺八里”、“昌八里”等地名称呼。据我国学者考证，这些称呼其实都是一音多转，或曰一音多译，它们其实都指的是—个地方，而这个地方就在现昌吉市境内。这也进一步证实了“昌吉”是由“仰吉”转化而来的。
关于此，从清代另一位官员萧雄的诗句中亦可得到印证。萧雄在清光绪年间写的《昌吉》诗中有“沿革想从昌八喇”句，说的也是这个意思。
关于“仰吉八里”的含义，据有关史载及专家考证，“仰吉”蒙语意为“场圃”，亦即游牧和种植的园地；而“八里”蒙语意为“城”。这样将两者的意思合起来，“仰吉八里”的意思便是“游牧与种植的园地之城”。根据昌吉这一带建县前曾长期为准噶尔蒙古人的游牧地，而昌吉县城东南面又有古城。[2]
昌吉市秦时属匈奴，汉代时为山北六国中的劫国和单桓国、乌贪訾离等地。
汉宣帝神爵二年（公元前60年）西域都护府建立，归其管辖。
三国时属车师后部，晋时属高车。
北魏时为高车地，后归于蠕蠕，北周时为突厥属地。
隋唐时为西突厥铁勒部，后归莫贺。唐初属西突厥，后为庭州所辖。又改属昆陵，继而属北庭。
宋时属回鹘五城（别失八里）。
元末归属东察合台汗国。
明代属四卫拉特的和硕特部游牧地，后为准噶尔台吉游牧地。
清初为准噶勒丹多尔济游牧地。清乾隆年间，开始大规模屯田，乾隆二十七年四月（1762年）设巡检司，属乌鲁木齐州。同年八月筑城，乾隆皇帝钦命名“宁边”并移乌鲁木齐州同于此，即宁边州同。为乌鲁木齐同知所辖。乾隆三十八年（1773年）农历七月二十七升宁边州同为昌吉县，属甘肃镇西府迪化州，辖区为昌吉市和呼图壁县。光绪十年（1884年）新疆设行省，昌吉县隶属迪化府。光绪二十九年（1903年）县辖呼图壁县巡检，改设为呼图壁县丞。
民国7年（1918年）呼图壁县分设，两县均归迪化道所辖。
1949年9月和平解放，1950年4月成立昌吉县人民政府，隶属迪化专员公署。
1954年7月成立昌吉回族自治区，昌吉县为自治区区府所在地。
1955年11月昌吉回族自治区改为自治州。
1955年昌吉县人民政府改称为县人民委员会。
1958年实现人民公社化，1959年4月，昌吉县成立人民公社联合社管理委员会，与县人委一套班子，两块牌子。1962年撤销联合社。
1968年11月28日成立昌吉县革命委员会，1981年2月撤销昌吉县革委会，恢复县人民政府。
1983年12月22日，经国务院批准，昌吉县改为昌吉市，仍属昌吉回族自治州管辖。[3]
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