1954年7月15日，昌吉回族自治区成立，1955年3月11日，昌吉回族自治区更名为昌吉回族自治州。2004年，自治区党委、自治区人民政府提出了乌昌经济一体化的重大决策，2007年，米泉市与东山区合并，现昌吉州行政区域辖木垒县、奇台县、吉木萨尔县、阜康市、昌吉市、呼图壁县、玛纳斯县、昌吉国家农业科技园两市五县一区。
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